染色質免疫共沉淀-芯片（Chromatin Immunoprecipitation –chip，ChIP-chip），它的基本原理是在生理狀態(tài)下把細胞內的蛋白質和DNA交聯在一起，超聲波將其打碎為一定長度范圍內的染色質小片段，然后通過所要研究的目的蛋白質特異性抗體沉淀此復合體，特異性地富集目的蛋白結合的DNA片段，通過對目的片斷的純化與檢測，從而獲得蛋白質與DNA相互作用的信息。

ChIP與基因芯片相結合建立的ChIP-chip方法已廣泛用于特定反式因子靶基因的高通量篩選；ChIP與體內足跡法相結合，用于尋找反式因子的體內結合位點；RNA-CHIP用于研究RNA在基因表達調控中的作用。它與DNA芯片和分子克隆技術相結合，可用于高通量的篩選已知蛋白質分析的未知DNA靶點和研究反式作用因子在整個基因組上的分布情況。染色質免疫共沉淀技術與芯片技術相結合更有助于科學家發(fā)明疾病的有效治療方法。調控蛋白與基因組DNA結合能夠控制DNA復制和基因表達，作為細胞調節(jié)網絡中的開關，結合位點分析信息與基因表達數據相結合，將能有助于分析尋找生物標志物（biomarker）。轉錄因子通過與核酸直接的相互作用等方式在細胞內發(fā)揮著重要的轉錄調控作用。它們通常序列特異性地結合在基因轉錄起始位點上游的啟動子區(qū)來調節(jié)該基因的轉錄。而ASB的啟動子芯片技術則是用于檢測單個轉錄因子在細胞中的某一時刻與20,000個基因啟動子相互作用的情況。通過染色質免疫共沉淀（ChIP）技術和啟動子芯片的有機結合，可以確定任何一個特定轉錄因子的靶基因群